به احتمال زیاد بزرگترین مشکل در مدیریت گلخانه آفات است. شرایط ایده آل برای رشد گیاهان اغلب برای جمعیت آفاتی مانند شته ها و تریپس نیز ایده آل است. هر دو نه تنها به گیاهان آسیب می رسانند، بلکه به عنوان ناقل بیماری نیز عمل می کنند. شته ها جمعیت مورچه ها را نیز جذب می کنند. شته ها و تریپس ها تنها آفاتی نیستند که جذب شرایط راحت داخل گلخانه می شوند. آفات دیگری که احتمالاً یافت می شوند عبارتند از: مگس های قارچی، مگس های ساحلی، کرم های خونی، مگس های سفید، برگ ها، شپشک های آرد آلود و کنه ها. خزنده‌های خزنده مانند کرم‌های بریده، کرم‌های ارتشی، لوپر و سایر کرم‌ها ممکن است مانند حلزون‌ها و راب‌ها به گلخانه راه پیدا کنند. آفات تنها مهمانان ناخواسته ای نیستند که گلخانه را آزار می دهند. بیماری ها یکی دیگر از مشکلات گیاهان گلخانه ای است. بیماری هایی مانند بوتریتیس، زنگ زدگی، پوسیدگی ریشه و سفیدک پودری در گلخانه ها نسبتاً شایع هستند. همه بیماری های قارچی ناشی از هاگ هایی هستند که توسط جریان هوا یا قطرات آب به اطراف منتقل می شوند. انواع عفونت های ویروسی ممکن است گیاهان گلخانه ای را تحت تاثیر قرار دهد. مشکلات رشد گلخانه ای ممکن است نتیجه عفونت های ویروسی مانند ویروس لکه نکروتیک یا ویروس پژمردگی لکه دار گوجه فرنگی باشد که هر دو نتیجه جمعیت های تریپس و همچنین ویروس های متعدد دیگر هستند.
گرفتگی سیستم های تصفیه هوا یک مشکل رایج گلخانه ای است که می توان آن را با تعویض منظم فیلترهای هوا برطرف کرد. نوسانات دما می تواند یک مسئله مهم در گلخانه باشد. این سازه ممکن است به دلیل دمای بسیار زیاد یا آتش سوزی ، بیش از حد داغ شود. گلخانه‌های خیلی گرم ممکن است از پارچه‌های سایه‌دار یا سفیدکننده گلخانه‌ای برای کنترل دمای محیط و تابش استفاده کنند. مسائل مربوط به سیستم های آبیاری و یا کوددهی سردرد دیگری برای اپراتور گلخانه است. تعمیر یا تعویض به موقع تجهیزات معیوب کلید مدیریت این مشکل گلخانه ای است. تمام سیستم ها باید شسته شوند و قطره چکان ها به طور مرتب با پراکسید هیدروژن و محلول آب تمیز شوند تا گرفتگی به حداقل برسد. مسائل مربوط به کپک یکی دیگر از مسائل مربوط به گلخانه ها است. کپک آفات و بیماری ها را تشویق می کند، گاهی اوقات تا حدی که کل سیستم نیاز به ضد عفونی دارد. در حالت ایده آل، باید سیستم ها، از جمله خطوط و مخازن آب را پس از هر برداشت با استفاده از مخلوط آب و پراکسید هیدروژن ضد عفونی کنید. تجمع نمک های کود در خطوط کود دهی می تواند منجر به افزایش هدایت الکتریکی محلول غذایی شود. خطوط کوددهی و انژکتورها را به طور منظم بازرسی و تمیز کنید تا از لقاح کم یا بیش از حد جلوگیری شود. در نهایت، اگر به نظر می‌رسد که محصولات به طور منظم کم آب می‌شوند، کنترل‌های مربوط به آب، زمان‌بندی و چرخه را از نظر گرفتگی یا خرابی بررسی کنید تا از آبیاری کم یا زیاد جلوگیری شود.